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Nivel Directivo: Conformado por la Junta Directiva que es el órgano de mayor jerarquía, el Presidente, la Consultoría Jurídica, la Auditoria Interna y el Consejo de Directores, del cual forman parte el Presidente y los Directores del área estratégica y de gestión interna de CENDITEL, cuyo objeto consiste en la toma de decisiones estratégicas del centro.
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Nivel de Estratégico:Conformado por las Direcciones de: Reflexión y fundamentación de la tecnología libre; Gestión del Conocimiento y apropiación en tecnología libre; Desarrollo de tecnología libre; Investigación en tecnología libre, cuyo trabajo se fundamenta en el trabajo matricial.
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Nivel de Apoyo: Conformado por la Dirección de Gestión Interna (Finanzas y Contabilidad, Servicios Generales, Presupuesto, Recursos Humanos), encargada de garantizar el adecuado desempeño funcional y operativo de las áreas administrativas de CENDITEL, brindando el soporte necesario al resto de la institución para alcanzar altos niveles de eficiencia y eficacia.
